近年来，许多导致人类严重疾病的新病毒可追溯到蝙蝠身上。蝙蝠是严重急性呼吸道综合征（SARS）病毒、埃博拉病毒、马尔堡病毒、亨德拉病毒和中东呼吸综合征（MERS）病毒的来源，最近的新型冠状病毒2019-nCov也怀疑来自蝙蝠身上。
实际上，根据2013年的一项研究，蝙蝠携带有60多种可以感染人的病毒。2017年，发表在《自然》杂志上的一项研究发现，蝙蝠携带的病毒数量明显超过星球上任何其他哺乳动物物种。
研究人员还研究了有助于解释蝙蝠惊人的动物传染病病毒数量的不同因素。其中一个突出的因素是：共生现象，即同一地理区域内生活着同一目生物的多个物种。如果蝙蝠的栖息地范围与其他蝙蝠和啮齿类动物的栖息地范围重叠，它们更有可能携带多种病毒。尽管啮齿类动物比蝙蝠有更多的活动范围重叠(因为它们的物种数量更多)，但对蝙蝠来说，这种重叠的影响是更大的。
尽管携带如此多的病毒，蝙蝠似乎不会被这些病毒给打倒，为什么它生命力如此顽强呢？研究人员说飞行可能是防止蝙蝠患病的关键因素。
蝙蝠飞行时，它们会增加能量消耗提高代谢率，这会使它的体温升高，导致它的体温与其他发烧的哺乳动物相似。“发烧可以增强哺乳动物的免疫反应。”研究人员说，“这表明飞行可以保护蝙蝠不受感染，就像发烧可以保护哺乳动物一样。”
如果伴随飞行的高新陈代谢率和高体温激活了免疫系统，那么飞行可能最终解释“进化的病毒感染没有明显的蝙蝠疾病迹象”。每天从飞行中产生的体温过高可能会使蝙蝠在感染的早期阶段抵御某些病原体。
有些病毒可能会与蝙蝠一起进化，以更耐受更高的体温。研究人员说，尽管这些病毒对蝙蝠无害，但当它们传播给其他动物时，它们可能引起疾病，因为这些病毒能够在更宽的温度范围内生存。
但是消灭蝙蝠并不是避免疾病的方法。事实上，研究表明，杀死蝙蝠并不能减少疾病传播，反而会增加易感蝙蝠的数量，并加强疾病传播。
密歇根大学安娜堡分校和雅典佐治亚大学的科学家综合了吸血蝙蝠的长期实地研究结果，对圈养的吸血蝙蝠和狂犬病传播的计算机模型的研究，发现捕杀蝙蝠种群并不能阻止病毒的传播。研究人员发现，在某些情况下，控制蝙蝠群体实际上可能会刺激受感染的蝙蝠到附近的其他群体寻求庇护，从而加剧病毒的传播。
