清军入关后，开始在中原进行了两百多次的统治。当然，清朝的统治并不是一帆风顺的，也遭到了很多人的反对。而农民起义就是最严重的反对，在整个清朝期间，农民起义非常多。其中有三次是非常大规模的，不过这三次大规模的农民起义有很特殊的地方，就是都借助宗教的外衣。我们看一下这三次农民起义的状况。
首先看一下白莲教
相传净土宗始祖东晋释慧远在庐山东林寺与刘遗民等结白莲社共同念佛，后世信徒以为楷模。而白莲社就是白莲教的前身。南宋时茅子元在流行的净土结社的基础上创建新教门，称白莲宗，即白莲教。可以说此时的白莲教正式形成。由于白莲教创建的时候和佛教有很大的关系，所以里面有很多佛教的规则。
白莲教的教徒要求信徒念佛持戒，就是不杀生、不偷盗、不邪淫、不妄语、不饮酒，以期往生西方净土。这个和和尚的戒律差不多。不过白莲教在后来传播的时候发生了很大的变化。白莲教以“普化在家清信之士”为号召，形成了一大批有家室的职业教徒，称白莲道人。因其“在家出家”，不剃发，不穿僧衣，又被称为不剃染道人或有发僧。也就是说这些人信徒虽然和佛教有关，但又不相同。尤其是他们不出家，在家修行。这就意味着可以用自己的家庭。这样的话，很多白莲教的领导可以把自己的位子和钱财传给子孙后代。时间久了之后，白莲教在当地的影响就会越来越大。
而且白莲教接着佛教的外衣，让很多人供奉佛祖，自己就能收敛更多的钱财。元朝的时候由于得到政府的承认，所以白莲教迅速传播。到了清朝时，白莲教更是从北方传到了南方，教徒遍布整个中国。而且在清朝时，白莲教为了吸引更多的人入教，打起了反清复明的口号，这样很多反清分子就会加入。不过这也引起清朝统治者的注意，清朝开始不断打压白莲教。而白莲教在这时也不断进行起义。
清朝的白莲教起义次数非常多，最严重的是嘉庆年间的起义。这次起义前后持续了九年零四个月，遍及湖北、四川、陕西、河南、甘肃五省。清朝花了九年零四个月的时间才彻底镇压这次起义，不过耗费了两亿两白银，相当于清朝五年的财政收入。可以说白莲教的起义彻底打击了清朝的统治。不过这次起义之后，白莲教势力大不如前，之后慢慢消失。
从某种程度上说，白莲教算是邪教组织。宗教信仰团体并没有任何问题。不过借着宗教信仰的名义收敛钱财供领导享受，而且组织自己的武装。可以说这已经是邪教组织了。封建王朝是不会允许这种组织存在的。所以才花了这么多钱财来镇压。不管怎么说，白莲教是借着佛教的外衣起义的。
其次是太平天国运动
1851年1月11日 ，洪秀全集2万余人在广西金田村正式宣布起义，建号太平天国，与杨秀清、冯云山、萧朝贵、韦昌辉、石达开等组成领导核心。如果说白莲教起义是借着宗教的外衣，那么太平天国起义简直可以说是建立政教合一的政权了。
太平天国运动的核心是洪秀全。洪秀全原本是读书人，，可是他三次都在广州院试失败落选，第三次在广州落选后已经是25岁了，受此打击回家以后重病一场，一度昏迷。醒来之后他直接向众人说，自己在梦中遇到一个老人告诉自己“奉上天的旨意，命我到人间来斩妖除魔。”而这个老人就是基督教的耶和华，也就是上帝。当然，洪秀全之所以知道基督教，是因为他在广州考试的时候，碰到了传教的基督徒，所以他对基督教略知一二。
1836年，洪秀全翻阅以前在广州应试时收到的基督徒梁发的《劝世良言》一书，详读之后被宣扬上帝的基督教义所启发，萌发了信奉上帝、追求人人平等的观念。于是他根据自己的理解开始传播上帝，并且创立了拜上帝教。洪秀全说自己是耶稣的弟弟，上帝的二儿子。上帝派他来人世间是斩杀一切妖魔鬼怪的。后来他开始在广东、广西一代传教。
1847年，洪秀全的拜上帝教已经有2000多信徒了，而且还有很多规章制度，这时候的拜上帝教，已经是一个严密的组织了。之后就有了1851年的起义。
太平天国起义之后，席卷了整个江南，1853年占领了南京，改南京为天京，开始了清朝分庭抗礼。1856年，太平天国发生内讧，开始衰落。后来在曾国藩、左宗棠、李鸿章等人的打击下，势力更是减弱。1864年洪秀全病死，之后南京被攻破，太平天国运动彻底被镇压。
太平天国不仅在最初传教的时候是借着宗教的外衣，在定都南京之后，还是有很多东西都是按照基督教上进行的，包括一些管理制度等。不过严格的来说，太平天国的拜上帝教和基督教有本质的区别。可以说有很多的歪曲。1847年的时候，洪秀全在广州的一所基督教堂学习了几个月，曾要求受洗，但教士认为，洪秀全对教义的认识不足够而拒绝了，于是其自行施洗。自己洗礼，可以说是严重违反基督教教义的。
但不管怎么说，太平天国的起义可以说影响重大，差点灭亡了清朝。
最后看一下义和团运动
白莲教是披着佛教的外衣，太平天国起义是打着基督教的旗帜，和它们相比，义和团运动可以说很特殊。因为义和团运动非常复杂，他也使用宗教，使用的是我国的神话传说，五花八门，什么都有。
甲午战争之后，清朝的统治危机四伏，帝国主义列强对我国的入侵更加严重，很多地方的百姓生存更加困难。其中山东地区可以说更加明显。由于德国在山东的侵略行径，使得山东人民对外国侵略者极为反感。1897年发生的曹州教案使山东巡抚李秉衡被贬职。在此之后，山东的民教矛盾有增无减。而义和团运动就是在这种状况下爆发的。
1897年，威县梅花拳师赵三多应村民阎书勤等的邀请，前往援助。后赵三多将梅花拳改名为义和拳。而练这种拳的人就是义和团团员。不过如果仅仅是练义和团这么简单，就不会和宗教有关了。1898年，义和团提出了付清灭洋的口号，之后迅速壮大。在壮大的时候，这个组织也逐渐发生了变化。很多成员不仅仅是练拳这么简单，开始使用其他的方式。
为了迅速练成义和拳，有的人开始喝一些烧过符的水，这样就能迅速练成神拳了。而且有些人喝了水之后可以刀枪不入，还有的能把天上的神仙给请来。玉皇大帝、太白金星、孙悟空、猪八戒等各种神仙都能请来。请来之后，他们面对洋人就能做到刀枪不入了。很多人被这种把戏给欺骗了。不过义和团并不是有统一的组织，而是每个地方有个大师兄，大师兄负责领导一切。各个大师兄之间并没有任何归属，也就是说他们是各自为战。
袁世凯担任山东巡抚期间，义和团运动遭到镇压，这时候义和团团员开始北上，到达了直隶地区。由于慈禧和帝国主义之间矛盾激化，慈禧准备用义和团成员攻打帝国主义。后来慈禧对帝国主义宣战，所以才有了后来的八国联军侵华。不过在八国联军侵华之后，清朝出卖了义和团，开始镇压义和团来讨好帝国主义。这时候义和团运动彻底失败。
总的来说义和团运动还是比较特殊的。他利用的是传统文化里的神话故事，而且没有统一的宗旨和领导。这也是这场运动失败的重要原因。而且他们不该把希望放在清政府身上。
可以说这三次大的起义，都有宗教因素在里面。前两个最明显，最后一个比较特殊。当然，他们最终的结果都一样，都失败了。但对清朝的统治都造成了很大的冲击。
