马耳他骑士团全称是耶路撒冷、罗得岛及马耳他圣约翰主权军事医院骑士团，是世界上唯一一个没有领土却还被联合国承认的主权国家。总部马耳他宫位于意大利罗马孔多迪大街68号，面积1.2万平方米，但是这块土地的主权归属于意大利，只是租借给马耳他骑士团。所以马耳他骑士团没有领土。
马耳他骑士团的前身是耶路撒冷圣约翰医院骑士团，公元1099年，在耶路撒冷的医院成立，主要工作是照顾伤患和朝圣者。1113年教廷承认其独立地位，不受任何政权领导，只受教皇节制。1120年，医院骑士团发展成为耶路撒冷王国一支重要的军事力量，以武力保护朝圣者不被异教徒攻击。1178年，埃及穆斯林出兵攻打十字军，在巴勒斯坦爆发哈丁之战，医院骑士团的主力全军覆没。1291年，耶路撒冷王国的都城阿卡被穆斯林占领，医院骑士团被迫放弃巴勒斯坦，前往塞浦路斯。
1309年医院骑士团来到罗得岛，并用海军阻止了穆斯林向地中海的扩张。1480年击败了土耳其奥斯曼帝国160艘战船的入侵。1522年奥斯曼帝国苏莱曼大帝出兵10万，400艘战船，围攻罗得岛，而岛上的医院骑士团只有7000人。但医院骑士团依旧坚持了3个月，才被迫撤出罗得岛，前往欧洲大陆。
1530年奉教皇和神圣罗马帝国皇帝之命，医院骑士团从欧洲大陆来到马耳他。并每年向西西里王国交纳一块钱的租金，租借马耳他岛。医院骑士团在马耳他岛上建立马耳他骑士团国，从此被称为马耳他骑士团。奥斯曼帝国对此相当不满，1565年苏莱曼大帝出兵5万围攻马耳他。马耳他骑士团只有2000人，外加5000老百姓，幸好西班牙军队及时赶来支援，最终土耳其军队损失三万多人，被迫撤退。马耳他骑士团国获得很长时间的和平。1571年土耳其人再次派出海军准备围攻马耳他，但还在半路上就全部被西班牙的无敌舰队击沉。此后马耳他骑士团国进入鼎盛，船只在海上横行无阻。
1798年，拿破仑占领马耳他岛，迫使马耳他骑士团投降。马耳他骑士团前往俄罗斯寻求庇护。1802年法国和英国签订《亚眠条约》，规定将马耳他的主权交还给马耳他骑士团，但是又不允许马耳他骑士团回到马耳他岛。1834年在罗马租借土地，修建1.2万平方米的马耳他宫作为总部，马耳他骑士团得以再次稳定。
马耳他骑士团没有实际的领土，但是被联合国列为观察员国，与世界上104个国家建立了正式的外交关系，其特殊性在世界上绝无仅有。2013年马耳他骑士团约有8000名成员。这就是马耳他骑士团的历史。
